Если при слиянии веток есть изменения в одних и тех же файлах проекта, то будет конфликт слияния, который необходимо разрешить вручную.
Для разрешения конфликтов слияния есть различные утилиты. Но суть у всех одна — открываются окна с изменениями файла в разных ветках и пользователь должен вручную выбрать какие изменения он хочет иметь в итоговой версии.
Для этого в sourcetree нужно выставить следующую настройку(задать утилиту разрешения конфликтов)